Taustatietoa

Merkkijonomenetelmien tutkimusta on Suomessa harjoitettu menestyksekkäästi jo 80-luvulta alkaen. Merkkipaaluja vuosien varrelta ovat muun muuassa ensimmäiset muotoilut sekvensointimenetelmissä vaadittavista algoritmeista, joukko menetelmiä tekstin tiivistykseen, likimääräisen hahmonsovituksen perusmenetelmät ja tehokkaat häviöttömät suodatusmenetelmät, hahmonsovitus tiivistetyistä jonoista, tilatehokkaat loppuosaindeksit, loppuosaindeksien tehokkaat muodostusalgoritmit, sekä 2- ja useampi-uloitteinen hahmosovitus yli erilaisten muunnosluokkien.

Kehitettyä menetelmällistä työkalupakkia on käytetty usean eri sovellusalan ongelmien ratkomiseen, kuten rakenteisten dokumenttien hakuun tiedonhaussa, merkkijonojen käsittelyyn tietokannoissa, biologisen sekvennsianalyysin hahmonetsintäongelmiin, geenien säätelyelementtien etsimiseen, bioteknologisten mittausmenetelmien kehitykseen, musiikin ja kuvien etsintään sisällön perusteella, sekä tietokonevirusten tunnistukseen.

Ensimmäinen merkkijonopäivä järjestettiin Helsingin yliopistolla.

Missio

Kokoontumisen tarkoituksena on luoda katsaus kansalliseen merkkijonomenetelmien tutkimukseen, sekä laajemminkin sekvenssianalyysin ja kombinatorisen hahmosovituksen tutkimukseen, ja käydä keskustelua alan tulevaisuuden haasteista.

Osallistuminen

Tapahtuma on suunnattu alan tutkijoille ja opiskelijoille, mutta on avoin kaikille merkkijonomenetelmistä kiinnostuneille.

Ilmoita esitelmäsi sähköpostilla jorma.tarhio(at)tkk.fi. Jos osallistut ilman esitelmää, ilmoittaudu tarjoilujärjestelyjen vuoksi sähköpostilla leena.salmela(at)tkk.fi.

Ohjelma

• 9.45 Aamukahvi
• 10.15 Timo Honkela (kutsuttu esitelmä): Kielellisten merkkijonojen käsittelyn erityispiirteistä
• 11.45 Juha Kärkkäinen: LCP-taulukon muodostaminen
• 12.10 Lounas
• 13.10 Francois Nicolas: On finding gapped motifs
• 13.35 Leena Salmela: q-gram algoritmien keskimääräisen vaativuuden analyysi
• 14.00 Jouni Siren: Täysin tiivistetyt itseindeksit
• 14.25 Kahvi
• 14.50 Teppo E. Ahonen: Tiivistämiseen perustuvan etäisyyden käyttö lainakappaleiden tunnistamisessa
• 15.15 Niko Mikkilä: Musiikin geometrista hahmonsovitusta DTW:llä
• 15.40 Hannu Peltola: BNDM-algoritmin virityksiä
• 16.05 Heikki Hyyrö: Tietoisku SPIRE 2009:stä

Sijainti

Tapahtuma järjestetään Teknillisen korkeakoulun tietotekniikan laitoksella, Otaniemessä T-talossa salissa T2. (Suunnistusohjeita)

Ohjelmatoimikunta

• Jorma Tarhio
• Kimmo Fredriksson
• Veli Mäkinen
• Esko Ukkonen

Paikalliset järjestelyt

• Hannu Peltola
• Leena Salmela

Epilogi

Kiitokset esitelmänpitäjille ja läsnäolleille. Vuoden kuluttua on tarkoitus kokoontua Helsingin yliopistolla Kumpulassa.